Una nueva herramienta de control de calidad podría ayudar a mejorar la interpretación de los análisis utilizados para detectar el virus de la necrosis pancreática infecciosa (IPNV) en salmones, especialmente cuando existen dudas sobre el estado de la muestra analizada.

El estudio fue liderado por la Dra. Yoanna Eissler (Universidad de Valparaíso) y contó con la participación del Dr. Cristian B. Canales-Aguirre (Universidad de Los Lagos), ambos investigadores principales del Centro Nacional de Investigación en Ríos, Invasiones y Sistemas -IRIS-; además de Javiera García Véliz (Pontificia Universidad de Valparaíso), David Tapia (Universidad de Chile) y José Manuel Yáñez (Universidad de Chile).

El trabajo, titulado Diagnostic evaluation of an EF1α RT-qPCR assay for RNA quality control in IPNV detection, fue aceptado para publicación en Journal of Virological Methods.

La investigación se centró en ELF4, un nuevo ensayo diseñado para funcionar como control interno de calidad durante la detección de IPNV mediante RT-qPCR, una de las técnicas moleculares utilizadas para identificar el virus.

En términos prácticos, la herramienta busca responder una pregunta relevante para los laboratorios: cuando la señal del virus es baja, ¿se debe realmente a una menor presencia viral o podría estar influida por la calidad de la muestra o del RNA utilizado en el análisis?

Una señal para evaluar la calidad de la muestra

Para desarrollar el ensayo, los investigadores compararon tres protocolos que utilizan el gen EF1α, empleado habitualmente como referencia en análisis moleculares de salmones.

La primera evaluación utilizó 53 muestras de salmón Atlántico, trucha arcoíris y salmón Coho provenientes de actividades de vigilancia de IPNV realizadas en el sur de Chile. Los resultados mostraron diferencias entre los protocolos, mientras que ELF4 presentó un comportamiento más estable y una menor variabilidad que uno de los métodos utilizados previamente.

Posteriormente, la herramienta fue evaluada con 500 muestras de riñón y bazo recolectadas durante un brote confirmado de IPNV en 2023.

En este conjunto, la señal entregada por ELF4 se mantuvo dentro de un rango relativamente estable, mientras que la señal correspondiente al virus presentó una variación considerablemente mayor entre las muestras.

Los investigadores observaron además una asociación moderada entre ambas mediciones. Según el estudio, esto sugiere que parte de las diferencias observadas al detectar el virus podría estar relacionada con factores propios de la muestra, como la calidad del RNA o su conservación, y no únicamente con la cantidad de material viral presente.

Apoyo para la vigilancia sanitaria

El equipo también analizó información proveniente de un desafío experimental anterior con trucha arcoíris, que incluyó muestras de 47 peces sobrevivientes y 34 casos de mortalidad.

Al estudiar ambos grupos por separado, el comportamiento de ELF4 no mostró una relación significativa con la intensidad de la señal de IPNV. Para los autores, este resultado respalda su utilización como indicador de calidad de la muestra, en lugar de interpretarlo como un marcador asociado a la gravedad de la infección.

La principal aplicación propuesta es incorporar este control dentro de los análisis rutinarios de IPNV para contar con información adicional sobre si la muestra tiene una calidad suficiente para entregar un resultado confiable.

De esta manera, una señal viral baja podría evaluarse considerando también el estado del material analizado, algo especialmente relevante en muestras obtenidas bajo distintas condiciones de recolección, almacenamiento y procesamiento.

Aplicación en ríos y lagos del sur de Chile

La metodología también está comenzando a incorporarse al trabajo que desarrolla el Centro IRIS para estudiar salmónidos presentes en sistemas fluviales y lacustres del sur de Chile, con el objetivo de detectar patógenos y generar información sobre su circulación en ambientes naturales.

Actualmente, la herramienta está siendo utilizada en investigaciones sobre salmónidos de los ríos Petrohué y Riñinahue.

Sobre esta aplicación, Yoanna Eissler explicó que “los salmónidos no sólo se encuentran circunscritos a los centros de cultivo, sino que también forman parte de ecosistemas fluviales y lacustres del sur de Chile, donde, como especies introducidas, interactúan con la biodiversidad nativa”.

La investigadora agregó que contar con herramientas confiables para detectar virus asociados a estos peces permite avanzar hacia una vigilancia que considere también su presencia y circulación fuera de los sistemas productivos.

Los autores concluyen que ELF4 mostró un desempeño consistente tanto en muestras de terreno como en los datos del brote y del desafío experimental, respaldando su utilización como control de calidad en estudios y programas de vigilancia de IPNV en salmónidos.